レジストリの削除はCloneCDをアンインストールした後に行います。 CloneCDをアンインストールしていないのにレジストリの登録情報を消す理由がないからです。 ただ、私が試した限りはインストールした状態でレジストリの削除を行っても動作に支障はないようです。 登録キーが有効か無効かという問題はレジストリとは関係ないと思います。