ニ尊院は百人一首で有名な小倉山の東麓にあり，本尊に釈迦如来と阿弥陀如来のニ尊を祀っているためニ尊院と呼ばれているが，正しくは「小倉山ニ尊教院華台寺」という。嵯峨天皇の勅願により慈覚大師が承和年間に開山したといわれている。
応仁の乱により諸堂が全焼したが，現本堂と唐門（勅使門）は約３０年後に再建された。総門は角倉了以が伏見城の「薬医門」を移築したもので，参道は紅葉の馬場といわれ紅葉がとても美しい所である。また，山中の時雨亭跡は藤原定家が百人一首を選定した場所とも言われている。
ニ尊院は現在でも二条家，三条家，四条家，三条西家，鷹司家の菩提寺でもある。
◆拝観料◆ ５００円
◆ＪＲ嵯峨野線（山陰線）「嵯峨嵐山」下車徒歩２０分
